電子帳簿保存法の電子取引データ保存：税理士が顧問先と確認したい実務ポイント
電子帳簿保存法の電子取引データ保存は、令和6年1月1日以後の電子取引について、実務上の確認が欠かせないテーマです。
税理士事務所にとって重要なのは、制度の概要を説明するだけでなく、顧問先がどこで電子取引を行っているかを具体的に把握することです。
保存対象は請求書に限られず、メール添付、ECサイト、インターネットバンキング、オンライン明細、従業員立替経費の電子領収書などにも広がり得ます。
この記事では、国税庁・e-Gov等の一次情報をもとに、税理士が顧問先と確認したい実務ポイントを編集部の整理としてまとめます。
電子取引データ保存は、誰に必要な制度なのか
対象は法人・個人事業者に広がる
電子帳簿保存法の電子取引データ保存は、税理士事務所だけが理解していれば足りる制度ではありません。国税庁資料では、電子帳簿等保存制度を「電子帳簿等保存」「スキャナ保存」「電子取引データ保存」の3区分に整理し、電子取引データ保存について、法人・個人事業者は対応が必要と説明しています。
電子帳簿保存法第7条では、所得税および法人税に係る保存義務者が電子取引を行った場合、その電子取引の取引情報に係る電磁的記録を保存しなければならない旨が定められています。ここでいう対象は、申告所得税・法人税に関して帳簿書類の保存義務がある者です。
つまり、税理士にとっては、顧問先である法人や個人事業者が電子取引を行っているかどうかを確認することが出発点になります。電子取引があるにもかかわらず、紙の請求書や紙の領収書だけを前提に証憑管理を確認していると、保存対象の把握が不十分になる可能性があります。
令和6年1月1日以後の電子取引は改正後要件で見る
国税庁Q&Aでは、同一課税期間中であっても、令和5年12月31日までの電子取引と、令和6年1月1日以後の電子取引では、保存時に満たすべき要件が異なると説明されています。令和4年1月1日から令和5年12月31日までの宥恕措置は、令和5年12月31日の適用期限到来により廃止されています。
そのため、顧問先に案内する際は、「令和6年1月1日以後の電子取引について、現在どのような保存体制になっているか」を確認する必要があります。過去の宥恕措置の印象が残っている顧問先では、「紙で出しておけばよい」「メールに残っていればよい」といった理解になっている場合も考えられます。
編集部としては、最初の説明では制度の細部に入りすぎるよりも、「電子で受け取った取引情報は、原則として電子データ自体を保存する必要がある」という基本線を共有し、そのうえで保存対象と保存方法を確認する流れが実務に落とし込みやすいと考えます。
顧問先に最初に確認したい電子取引の発生場所
請求書だけでなく、注文書・契約書・領収書・見積書も見る
電子取引データ保存で見落としやすいのは、保存対象を「請求書」に限定して考えてしまうことです。国税庁パンフレットでは、紙でやりとりしていた場合に保存が必要な注文書、契約書、送り状、領収書、見積書、請求書などに相当する電子取引データを受領または交付した場合、電子保存が義務付けられると説明されています。
したがって、顧問先への確認では、「電子請求書を使っていますか」と聞くだけでは足りない可能性があります。契約書をクラウド契約サービスで締結していないか、ECサイトから領収書や購入明細をダウンロードしていないか、見積書や注文書をメール添付で受け取っていないかまで確認する必要があります。
同じ内容について紙と電子データの両方が存在する場合も、実務上の確認が必要です。紙を正本として扱う取り決めがあるのか、電子データ側に紙にはない補足情報が含まれていないかを確認すると、保存対象の整理がしやすくなると考えられます。ただし、具体的にどのデータをどのように保存すべきかは、顧問先の取引実態に応じた個別確認が必要です。
メール・クラウド・ECサイト・オンライン明細を棚卸しする
顧問先の電子取引は、経理部門だけに集まっているとは限りません。営業担当者がメールで見積書を受け取っている場合、購買担当者がECサイトで備品を購入している場合、経営者がインターネットバンキングで振込を行っている場合など、発生場所が社内に分散していることがあります。
確認したい代表例は、次のようなものです。
- メール添付の請求書・領収書
- クラウド請求書、クラウド契約、EDI
- ECサイトの領収書・購入明細
- インターネットバンキング、オンライン明細
- クレジットカード、交通系IC、スマホ決済等の明細
- 従業員立替経費で受領した電子領収書
- 注文書、契約書、送り状、見積書など請求書以外の電子データ
国税庁Q&Aでは、インターネットバンキングを利用した振込等も電子取引に該当し、振込等を実施した取引年月日、金額、振込先名等が記載されたデータを保存する必要があると説明されています。また、従業員が支払先から電子データにより領収書を受領する行為について、その行為が会社の行為として行われる場合には、会社としての電子取引に該当するとされています。
編集部の見解では、税理士事務所が顧問先に案内するときは、制度名から説明するだけでなく、「どの部署で、どのサービスを使って、どの電子データを受け取っているか」を棚卸しすることが重要です。この棚卸しができていないと、保存方法の検討に進んでも、対象データの抜け漏れが残る可能性があります。
メールソフト上で見られるだけでは十分といえない
電子メールで請求書や領収書等のデータを受領した場合、その取引は電子取引に該当し得ます。国税庁Q&Aでは、電子メールに添付された請求書等について、対象データを検索できる状態で保存する必要があるため、メールソフト上で閲覧できるだけでは十分とはいえないと説明されています。
この点は、顧問先が誤解しやすいところです。メールボックスに添付ファイルが残っていると、感覚的には「保存している」と考えやすいからです。しかし、電子取引データ保存では、税務調査等の際に必要なデータを確認できる状態にしておくことが求められます。
実務上は、メール添付のファイルをどこに保存するか、ファイル名や索引簿で日付・金額・取引先と紐づけられるか、担当者が退職した場合でも会社として確認できるかを検討する必要があります。メールソフトに残すだけの運用では、検索性や管理責任の面で課題が残ると考えられます。
保存ルールは「改ざん防止・見読可能性・検索機能」で確認する
改ざん防止措置の選択肢
国税庁資料では、電子取引データ保存の原則的な確認項目として、改ざん防止措置、見読可能性、検索機能が示されています。まず改ざん防止措置については、複数の方法が例示されています。
具体的には、タイムスタンプが付与されたデータを受領する方法、受領データにタイムスタンプを付与する方法、訂正・削除の履歴が残るシステム等で授受・保存する方法、改ざん防止のための事務処理規程を策定・運用・備付けする方法などです。
ここで重要なのは、「専用システムを導入しないと対応を検討できない」と短絡しないことです。国税庁資料では、事務処理規程の策定・運用・備付けも選択肢として示されています。ただし、規程を作成しただけで実態が伴わなければ、実務上の管理としては不十分になる可能性があります。
編集部としては、顧問先ごとに、すでに利用している会計ソフトや証憑管理システムの有無、取引量、担当者数、証憑の分散状況を確認したうえで、どの改ざん防止措置が現実的かを整理することが望ましいと考えます。個別のソフトやクラウドサービスが要件を満たすかどうかは、本記事では断定しません。
見読可能性は税務調査等で確認できる状態を意識する
見読可能性とは、保存した電子取引データを確認できる状態にしておくことです。国税庁パンフレットやチェックシートでは、保存データを確認するためのディスプレイ、プリンタ等の備付けが確認項目として示されています。
顧問先がパソコンやクラウドストレージで保存している場合でも、必要なときに画面表示できるか、出力できるか、担当者以外でも保存場所を把握できるかを確認する必要があります。スマートフォンだけで確認している明細や領収書がある場合は、税務調査等の際に速やかに提示・提出できる手段があるかも実務上の確認点になります。
見読可能性は、単に「データが存在するか」ではなく、「必要なときに確認できるか」という観点で見ると整理しやすくなります。顧問先に対しては、保存場所、閲覧方法、出力方法、担当者不在時の対応をセットで確認するとよいと考えられます。
検索機能は日付・金額・取引先で考える
検索機能については、取引年月日、取引金額、取引先の3項目が中心になります。国税庁資料では、日付・金額・取引先で検索できること、日付または金額の範囲指定検索、2項目以上の組み合わせ検索などが確認項目として示されています。
専用ソフトを使用していない場合でも、国税庁Q&Aでは、エクセル等の表計算ソフトで取引年月日、取引金額、取引先の一覧表を作成し、範囲指定や2項目以上の組み合わせ検索が可能であれば、検索機能を満たすものと考えられると説明されています。国税庁パンフレットでも、索引簿を作成する方法や、日付・金額・取引先を規則的に含めたファイル名で特定フォルダに集約する方法が例示されています。
このため、小規模事業者では、最初から大きなシステム導入を前提にするのではなく、現在の証憑量や担当体制に応じて、索引簿やファイル名ルールを検討する余地があります。たとえば、保存フォルダを決め、ファイル名に取引日・取引先・金額を含め、月次で保存漏れを確認するだけでも、現状把握の精度は上がると考えられます。
ただし、ファイル名ルールや索引簿で十分かどうかは、顧問先の取引量、保存形式、検索方法、税務調査等への対応体制によって異なります。税理士事務所が案内する際は、「この方法なら必ず大丈夫」と断定せず、国税庁資料の例示をもとにした確認方法として説明するのが適切です。
検索機能の緩和と猶予措置で誤解しやすい点
検索機能が不要になる場合でも、電子データ自体の保存は別に確認する
国税庁チェックシートでは、税務調査等の際にダウンロードの求めに応じられることを前提に、一定の場合には検索機能の全てが不要となる取扱いが示されています。具体的には、基準期間の売上高が5,000万円以下である場合、または電子取引データを出力した書面を取引年月日および取引先ごとに整理した状態で提示・提出できる場合です。
ここで注意したいのは、「検索機能が不要」と「電子データ自体の保存が不要」は別の話である点です。取材メモで確認した範囲では、検索機能の緩和対象に該当することによって、電子データ自体の保存義務がなくなるとは確認できません。
顧問先への説明では、次の3点を分けて確認することが有効と考えられます。第一に、基準期間の売上高が5,000万円以下かどうか。第二に、電子取引データを出力した書面を取引年月日・取引先ごとに整理して提示・提出できるか。第三に、税務調査等で電子データのダウンロードの求めに応じられるかです。
検索機能の緩和対象に該当しそうな場合でも、電子データをどこに保存しているか、誰が管理しているか、必要なときに取り出せるかは確認しておく必要があります。
猶予措置は恒常的な対応策として扱わない
令和6年1月以降も、一定の猶予措置はあります。国税庁Q&Aでは、税務署長が相当の理由があると認め、税務調査等の際に電子データおよび出力書面の提示・提出に応じられる場合、保存時に満たすべき要件にかかわらず電子データの保存が可能とされる猶予措置が説明されています。
ただし、猶予措置の適用を受ける場合でも、出力書面のみを保存する対応は認められず、電子データ自体の保存が必要であると説明されています。つまり、「猶予措置があるから何もしなくてよい」という理解は適切ではありません。
編集部の見解では、猶予措置は恒常的な運用方法として紹介するのではなく、原則的な要件で保存できなかったことについて相当の理由がある場合の取扱いとして説明するのがよいと考えます。顧問先が猶予措置に頼る可能性がある場合でも、電子データ自体を保存しているか、税務調査等で提示・提出できるか、相当の理由が解消された後も同じ状態を続けていないかを確認する必要があります。
顧問先説明はチェックリスト化すると実務に落とし込みやすい
制度説明と現場確認を分ける
税理士事務所が顧問先に電子取引データ保存を説明するとき、制度説明と現場確認が混ざると、話が長くなりやすくなります。編集部としては、説明を2段階に分けると実務に落とし込みやすいと考えます。
制度説明では、電子取引データ保存の対象、令和6年1月1日以後の電子取引に関する要件、電子データ自体の保存が必要であることを伝えます。一方、現場確認では、顧問先のどこで電子取引が発生しているか、どこに保存しているか、検索・出力・ダウンロードに応じられるかを確認します。
この分け方により、顧問先は「知っておくべき制度」と「自社で確認すべき業務」を区別しやすくなります。税理士事務所側も、担当者ごとの説明内容のばらつきを抑えやすくなると考えられます。
保存対象データの一覧表を作る
顧問先の現状確認では、保存対象データの一覧表を作ることが有効です。最初から完璧なシステム設計を目指すよりも、まず電子取引がどこで発生しているかを見える化することが重要です。
一覧表には、たとえば次の項目を入れると整理しやすくなります。
- データ種別
- 発生元
- 受領または交付の方法
- 保存場所
- 保存担当者
- 検索に使う日付
- 検索に使う金額
- 検索に使う取引先
- 出力対応の可否
- ダウンロード対応の可否
この一覧表は、税理士事務所にとっては顧問先ヒアリングの土台になります。中小企業経営者にとっては、社内の証憑がどこに分散しているかを把握する資料になります。中小企業診断士にとっては、バックオフィスDXや経理業務改善の現状診断にも使いやすい整理だと考えられます。
従業員立替経費の電子領収書フローも確認する
従業員が立替経費で電子領収書を受領する場合、その行為が会社の行為として行われるときは、会社としての電子取引に該当し得ます。国税庁Q&Aでは、会社として取りまとめて保存・管理することが望ましい一方、集約までの一定期間は従業員端末に保存しつつ、会社側で日付・金額・取引先の検索条件に紐づく形で保存状況を管理することも認められるとされています。
このため、経費精算の実務では、電子領収書の提出期限、提出先、保存場所、保存担当者、未提出確認の方法を決めておくことが重要です。従業員のメールやスマートフォンに電子領収書が残ったまま、会社側で保存状況を把握できない状態では、後から確認する負担が大きくなると考えられます。
編集部としては、顧問先に対して、経費精算ルールと電子取引データ保存ルールを別々に考えるのではなく、同じ証憑管理の流れとして確認することを勧めたいです。月次で未提出・保存漏れを確認するだけでも、実務上の手戻りを減らせる可能性があります。
保存期間と、記事公開前に再確認したい事項
保存期間は各税法の保存期間に従う
電子取引データの保存期間は、各税法に定められた保存期間に従います。国税庁Q&Aでは、電子取引データは各税法に定められた保存期間中、保存時に満たすべき要件に沿って適切に保存する必要があると説明されています。
法人の帳簿書類等の保存期間について、国税庁タックスアンサーでは、法人は帳簿と取引等に関して作成または受領した書類を、原則として確定申告書の提出期限の翌日から7年間保存しなければならないと説明されています。欠損金等がある場合は、10年間となる場合があります。
顧問先への案内では、保存期間を一律に短く見積もらないことが重要です。特に欠損金等がある場合は、顧問先の税務状況に応じて確認が必要です。この記事では一般的な整理にとどめ、個別の保存期間判断は顧問先の状況に応じて確認する事項として扱います。
個別ソフトの適合性や違反時の処分は断定しない
電子取引データ保存への対応を検討すると、会計ソフト、証憑管理ソフト、クラウドストレージ、経費精算システムなどの利用可否が論点になりやすくなります。しかし、個別のソフトやクラウドサービスが電子帳簿保存法の要件を満たすかは、サービス仕様、契約プラン、運用方法、保存設定によって異なると考えられます。
そのため、税理士事務所が顧問先に案内する際は、「このソフトを使えば必ず要件を満たす」といった断定は避ける必要があります。サービス提供会社の資料、国税庁資料、顧問先の実際の運用を照らし合わせて確認することが重要です。
また、電子取引データ保存に違反した場合の具体的な処分や、青色申告承認取消し等の判断についても、個別事情による部分があります。本記事では、違反時の結果を断定的に述べるのではなく、保存対象・保存方法・提示提出体制を平時から確認することを実務上の対応として整理します。
なお、法令や国税庁Q&Aは改訂される可能性があります。この記事は2026年7月29日に確認した資料をもとに作成していますが、実際の案内や記事公開前には、国税庁資料やe-Gov法令検索の最新版を再確認する必要があります。
まとめ：まずは顧問先の電子取引の発生場所を一覧化する
電子帳簿保存法の電子取引データ保存は、法人・個人事業者の実務に関わる制度です。税理士事務所は、顧問先に制度を説明するだけでなく、顧問先のどこで電子取引が発生しているかを確認する支援者になりやすいと考えられます。
保存対象は請求書だけではありません。メール添付、ECサイトの領収書・購入明細、インターネットバンキング、オンライン明細、従業員立替経費の電子領収書、注文書、契約書、見積書なども確認対象になり得ます。
保存ルールは、改ざん防止措置、見読可能性、検索機能の3点で整理すると、顧問先にも説明しやすくなります。検索機能については、一定の場合に緩和される取扱いがありますが、電子データ自体の保存が不要になるとは扱わないことが重要です。猶予措置についても、出力書面のみの保存で足りるものではなく、電子データ自体の保存が必要です。
読者が最初に取り組むべきことは、顧問先または自社の電子取引の発生場所を一覧化することです。どの部署で、どのサービスを使い、どの電子データを受領・交付しているかを棚卸しすれば、保存対象、保存場所、検索方法、出力・ダウンロード対応の確認に進みやすくなります。
出典一覧
- 国税庁「電子取引関係」（確認日：2026-07-29）
- 国税庁「電子帳簿保存法対応！令和6年1月以降の電子取引データの保存方法について」（令和6年11月）
- 国税庁「電子取引データ保存要件チェックシート」（令和6年11月）
- 国税庁「電子帳簿保存法一問一答」（令和8年7月）
- 国税庁「電子帳簿保存法の内容が改正されました」（令和5年4月）
- e-Gov法令検索「電子計算機を使用して作成する国税関係帳簿書類の保存方法等の特例に関する法律」（確認日：2026-07-29）
- 国税庁タックスアンサー「No.5930 帳簿書類等の保存期間」（令和7年4月1日現在法令等）
この記事はAIが生成し、編集長のチェックを受けて公開しています。
